Sau gần hai năm lấy ý kiến các nhà khoa học, nghiên cứu các phương án bảo tồn, lãnh đạo Sở VHTT Hà Nội tổng hợp hai phương án bảo tồn di chỉ Vườn chuối-nơi có sự xuất hiện đầu tiên của cư dân Hà Nội. Phương án 1, thực hiện nghiên cứu bảo tồn diện tích khu vực phía Đông khu di chỉ (diện tích khoảng 6.000 m2).
Mục tiêu đưa khu vực này vào danh mục di tích của thành phố, từ đó, xây dựng các bước tiếp theo để bảo tồn, phát huy giá trị di tích; đồng thời, thực hiện phương án khai quật di dời các di tích, di vật ở khu vực phía Tây khu di chỉ trước khi giải phóng mặt bằng, phục vụ xây dựng tuyến đường vành đai 3,5 của thành phố.
Ở phương án 2, Sở VHTT đề xuất thực hiện nghiên cứu bảo tồn toàn bộ diện tích khu vực phía Tây khu di chỉ (diện tích khoảng 6.000 m2) giống như ở khu vực phía Đông, nhằm bảo tồn toàn bộ khu di chỉ khảo cổ Vườn Chuối (diện tích khoảng 12.000 m2). Tiếp đó, đưa toàn bộ khu vực di chỉ vào danh mục di tích của thành phố, đồng thời xây dựng các bước tiếp theo để bảo tồn, phát huy giá trị di tích, xếp hạng, tiếp tục khai quật khảo cổ, xây dựng các công trình văn hóa phụ trợ...
Trong tờ trình gửi UBND TP Hà Nội, lãnh Sở VHTT Hà Nội đề xuất nên chọn phương án 1 với lý do “đảm bảo sự hài hòa giữa việc bảo tồn và phát triển, vừa phục vụ mục đích bảo tồn, nghiên cứu và phát huy giá trị di tích, vừa phục vụ việc xây dựng cơ sở hạ tầng giao thông đô thị”. Nửa phía Đông khu di chỉ mang những giá trị lịch sử, văn hóa, khoa học tiêu biểu cho toàn bộ khu di chỉ khảo cổ Vườn Chuối. Hiện nay ở khu vực này vẫn còn ẩn tàng, lưu trữ nhiều di tích, di vật có giá trị, phục vụ việc nghiên cứu và phát huy giá trị di tích.
