Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch thỏa thuận Dự án tu bổ, tôn tạo di tích chùa Huyền Kỳ, với nội dung: Tôn tạo cổng chính, nhà mẫu; xây dựng mới nhà khách, cổng phụ, hạ tầng kỹ thuật và hệ thống phòng cháy, chữa cháy di tích. Bộ cũng lưu ý, đối với hạng mục nhà mẫu, cửa sổ thiết kế trang trí đề tài “sắc - không”; công trình nhà khách chỉ thiết kế một bậc cấp và không lắp đèn ống Led chiếu sáng nội thất công trình. Đối với hạng mục cổng chính, không làm xà treo chuông và không đắp bức “hoành biển” trên bờ nóc.
Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đề nghị UBND thành phố Hà Nội chỉ đạo cơ quan chức năng hướng dẫn chủ đầu tư bổ sung, hoàn thiện dự án, công bố công khai nội dung tu bổ, tôn tạo di tích...
Chùa Huyền Kỳ là công trình kiến trúc cổ cách đây khoảng 600 năm. Chùa có tên chữ là Hiển Linh tự. Nhìn tổng thể chùa được xây dựng theo lối chữ “công”. Phía trước có tam quan và sân Chùa lát gạch; bên phải có đền bà Chúa Lính, tương truyền là Tướng quân Lê Hiệp – một vị tướng của Hai Bà Trưng đã giả làm nữ trong lúc xung trận, vì có công lớn nên nhân dân đã lập đền thờ cạnh Chùa. Kết cấu các toà của Chùa đều theo hình thức 4 hàng chân gỗ với vì nóc kiểu chồng gường – một lối kiến trúc phổ của thời Nguyễn, để tạo ra không gian khép kín giữa 3 toà: Tiền đường, Trung điện, Thượng điện. Xung quanh Chùa đều xây bằng gạch nung và lợp ngói ri cổ.
Chùa Huyền Kỳ có hệ thống tượng Phật quý với hơn 335 pho tượng lớn, nhỏ, nổi bật là 2 động: Động Thuỷ và Động Tiên. Hai bên hành lang có 2 bức phù điêu chạm nổi Thập điện dài 2,16m, rộng 1,02m.
Nói tới nghệ thuật điêu khắc tượng ở Chùa Huyền Kỳ phải nói tới 2 pho tượng Khuyến Thiện và Trừng Ác. Cả 2 pho tượng đều được đắp cao 2,35m, cao gần sát mái Chùa nhưng vẫn đảm bảo được sự hài hoà, cân đối giữa các bộ phận. Các đường nét hoa văn của các pho tượng này đến nay vẫn còn nguyên vẹn.
Chùa Huyền Kỳ có hệ thống tượng Phật đầy đủ theo cách bài trí truyền thống của chùa Việt Nam, lại được người xưa điêu khắc tài hoa sơn son thiếp vàng công phu nên từ lâu đã nổi tiếng là chùa đẹp trong vùng.
Quá trình xây dựng, trùng tu, chùa Huyền Kỳ được khởi dựng từ thời Lê. Công trình này được tu bổ lớn vào thời Nguyễn.
Chùa Huyền Kỳ (phường Phú Lãm, quận Hà Đông) được công nhận là di tích lịch sử văn hóa từ năm 1992 và đã được khoanh vùng bảo vệ.