Mục tiêu tổng quát của Chương trình là khai thác tiềm năng, lợi thế của các địa phương trong vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi; quy hoạch, sắp xếp, bố trí ổn định dân cư, xây dựng hệ thống kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội đồng bộ, liên vùng, kết nối với các vùng phát triển; phát triển toàn diện giáo dục, đào tạo, y tế, văn hóa; cải thiện rõ rệt đời sống của nhân dân.
Bên cạnh đó, Chương trình đặt mục tiêu giữ gìn, phát huy bản sắc văn hóa tốt đẹp của các dân tộc thiểu số đi đôi với xóa bỏ phong tục tập quán lạc hậu; thực hiện bình đẳng giới và giải quyết những vấn đề cấp thiết đối với phụ nữ và trẻ em…
Chương trình đưa ra mục tiêu cụ thể: Đến năm 2025, phấn đấu mức thu nhập bình quân của người dân tộc thiểu số tăng trên 2 lần so với năm 2020; tỉ lệ hộ nghèo trong đồng bào dân tộc thiểu số mỗi năm giảm trên 3%; phấn đấu 50% số xã, thôn ra khỏi địa bàn đặc biệt khó khăn.
Hoàn thành cơ bản công tác định canh, định cư; sắp xếp, bố trí ổn định 90% số hộ di cư không theo quy hoạch.
Quy hoạch, sắp xếp, di dời, bố trí 60% số hộ dân tộc thiểu số đang cư trú tại các khu vực xa xôi, hẻo lánh, nơi có nguy cơ xảy ra lũ ống, lũ quét, sạt lở. Giải quyết cơ bản tình trạng thiếu đất ở, đất sản xuất cho đồng bào.
Tỉ lệ học sinh học mẫu giáo 5 tuổi đến trường trên 98%, học sinh trong độ tuổi học tiểu học trên 97%, học trung học cơ sở trên 95%, học trung học phổ thông trên 60%; người từ 15 tuổi trở lên đọc thông, viết thạo tiếng phổ thông trên 90%.
Tăng cường công tác y tế để đồng bào dân tộc thiểu số được tiếp cận các dịch vụ chăm sóc sức khỏe hiện đại. 50% lao động trong độ tuổi được đào tạo nghề phù hợp với nhu cầu, điều kiện của người dân tộc thiểu số và đặc thù vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi. Đào tạo, quy hoạch, xây dựng đội ngũ cán bộ người dân tộc thiểu số, nhất là các dân tộc thiểu số tại chỗ.
Bảo đảm tỉ lệ cán bộ, công chức, viên chức người dân tộc thiểu số phù hợp với tỉ lệ dân số là người dân tộc thiểu số ở từng địa phương. Đào tạo nghề cho khoảng 2,25 triệu người; tạo thêm việc làm, tăng thu nhập cho khoảng 4 triệu hộ đồng bào dân tộc thiểu số và hộ dân tộc Kinh nghèo, cận nghèo ở xã, thôn đặc biệt khó khăn...
Chương trình được thực hiện trên địa bàn các xã, thôn vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi; trong đó, ưu tiên nguồn lực của Chương trình đầu tư cho các địa bàn đặc biệt khó khăn (xã đặc biệt khó khăn, thôn đặc biệt khó khăn), xã an toàn khu (ATK) thuộc vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi.