Thông tin ban đầu, rạng sáng 1/11, một chiếc xà lan mang số hiệu 05.853 do tài công Nguyễn Quốc Cường (32 tuổi, ngụ Bạc Liêu) điều khiển chở theo hơn 1.000 tấn đá xây dựng, chạy trên sông Sài Gòn theo hướng từ hạ nguồn lên thượng nguồn.
Khoảng 1h35’, khi qua cầu Bình Lợi cũ thì cabin của xà lan đụng vào nhịp số 4 của cầu Bình Lợi, khiến cây cầu bị lay động mạnh. Sự cố khiến đường ray xe lửa bị lệch khoảng 25 cm so với thiết kế ban đầu, nhiều thanh tà vẹt của đường ray bị gãy.
Ngay khi xảy ra sự cố, lực lượng CSGT đường thủy, đơn vị quản lý tuyến đường sắt cùng nhiều đơn vị liên quan đã đến hiện trường khắc phục sự cố.
Các chuyến tàu Nam – Bắc phải dừng chân tại các ga như Sóng Thần, Bình Triệu, ga Sài Gòn để chờ khắc phục sự cố.
Đến khoảng 6h35’ cùng ngày, lực lượng chức năng đã cơ bản khắc phục tạm thời đường ray và cho tàu hỏa lưu thông qua lại nhưng chỉ đi với tốc độ 5km/h. Đến 13h cùng ngày, các lực lượng chức năng vẫn đang tiến hành khắc phục sự cố nhằm khôi phục lại hiện trạng đường ray như ban đầu.
Các chuyến tàu phải dừng chờ gần 5 giờ mới có thể lưu thông qua khu vực